El 30 de septiembre de 1962, el Padre Antonios fue llamado por el S. S. Papa Cirilo VI para ser consagrado obispo de Educación Cristiana y Presidente del Seminario Teológico Copto Ortodoxo. Ahí fue cuando se le conoció finalmente como Mons. Shenouda. A través de su liderazgo en el seminario, el número de alumnos se triplicó.
